我们知道，在其《中国哲学史新编》第六册中，对洪秀全及其领导的太平天国运动做出了与一代伟人（也是思想理论大家、精通历史的实践者）毛泽东完全相反的结论——

毛在其著作中，认为太平天国运动，同近代史上的义和团运动、辛亥革命一样，“都表现了中国人民不甘屈服于帝国主义及其走狗的顽强的反抗精神”，洪秀全同康有为、严复、孙中山一样，都是“自从一八四〇年鸦片战争失败那时起，先进的中国人民，经过千辛万苦，向西方国家寻找真理”的代表性人物；

而冯却认为，中国近代史上的维新运动有两个基本课题：反对封建主义与向西方学习。但洪秀全的主张——拜上帝教，却背道而驰，全是封建社会与基督教的那一套，自然是阻止社会进步的。并在《中国哲学史新编》第七册中（在大陆未能出版），进一步认为中国共产党领导的农民参与的运动，起初由于农民与无产阶级（工人）结合，才成为进步的力量，后来就不行了，共产风、人民公社等就是迂回曲折表现。冯认为农民并不代表先进的生产力，只能在旧的生产关系中打圈子，工人则相反，代表先进的生产力和生产关系。

显然，冯的观点是不当的，原因很简单，是表面或者说是形式上看问题的，是一种简单的逻辑判断，所以说是小儿科错误；毛则是从本质上、大事上论述的，是正确的。试想：农民受到封建社会残酷的剥削、压迫，起来反抗，不论什么形式，应该是进步的、革命的；农民的生产活动，使用、创新先进的生产工具（科技）也是当然的；至于代表的生产关系乃至于上层建筑，一是认识问题，一是过程问题，这些显然冯并没有放在自己的论据之中。再者，共产风、人民公社问题并不代表整个农民问题，充其量，部分一时表现而已，对中国共产党领导的农民参与的革命的判断，更是有失公正。